Стандартные болезни е46.
Стаканы, балка, гниль арок, дверей, порогов. Если дизель - то в нем слабая акпп. Если бенз м54, то смотреть на масложер (компрессию проверяй).
Вообще в е46 уже достаточно электроники, что бы уделить внимание каждому блоку (по шерстить по логам, сверить пробеги.... )