Диски какие стоят, оригиналы с е39? Если нет, то смотри диаметр центровочного отверстия, возможно на дисках больше, поэтому и бьёт. На е39 должно быть 74,1. Если при торможении уводит смотри тормозные диски, резину, а затем уже в ходовую....
По двигателю если уже менял термостат, возможно и...